Depuis le 1er janvier 2018, la CIVIS est compétente en matière de Gestion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations (GEMAPI). La CIVIS a notamment pour mission de surveiller les ouvrages GEMAPI de protection contre les inondations présents sur le territoire de la CIVIS et de les maintenir en bon état de fonctionnement.
La zone de Bassin Plat située à Saint-Pierre est une zone vulnérable aux inondations par débordement de la Rivière d’Abord.